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微生物实验室为专业特色实验室，主要服务给排水科学与工程专业本科生的“水处理生物学”和“水质工程学”课程实验教学。开设光学显微镜的操作及细菌形态的观察、真菌、放线菌的形态观察、藻类及原生动物形态的观察、培养基的制备及湿热灭菌、微生物的转接及培养、微生物的染色及观察、细菌纯种分离与纯化、大肠菌群测定、细菌总数的测定等实验项目，配有生物显微镜、微生物鉴定仪、酶标仪、超净工作台、生化培养箱、光照培养箱、厌氧培养箱、生物计数器、接种箱、生物震荡床、超低温冰箱、离子浓度计/pH计、高速冷冻离心机高压蒸汽灭菌锅、干燥箱、电子天平等分析用设备。

微生物实验室同时为土木工程、建筑与土木工程等学科的研究生学习和研究提供服务，为微生物菌种培养、保存、检测及实验提供完善的便利条件。承担科研人员进行微生物方面的科学研究及相关社会服务的基本任务，为专业教师的科研及进修提供积极支持。

    微生物实验室目前承担了本科生和研究生进行的各项实验，主要研究方向是利用小球藻/莱茵衣藻培养及及对水中重金属离子的去除研究、水体修复及生物固定化技术，已发表了相关方面的论文8篇。下一步将建设生物基因工程工作站，为教学科研提供更高端的服务。