近日,植物保护学院杨龙教授团队在International Journal of Molecular Sciences上发表了题为CRISPR/Cas9 Editing Sites Identification and Multi-Elements Association Analysis inCamellia sinensis的论文。CRISPR/Cas9是一种高效的基因组编辑工具,茶树基因组中编辑位点的鉴定及潜在影响因素尚未得到研究。在本研究中,利用生物信息学方法鉴定shuchazao基因组中包括编辑位点、simple sequence repeats (SSR)、G-四链体、基因密度的特征及其关系。在基因组中共鉴定了248,134,838个潜在的编辑位点,观察到AGG、TGG、CGG、GGG、NGG五种PAM类型,其中66,665,912个被发现是有特异性的,它们存在于基因所有结构元件中。联合分析中在染色体中发现了GC含量、GQ密度、PAM密度高相反基因密度、SSR密度低的特征区域,并发现该区域与次生代谢物和氨基酸生物合成途径相关。所鉴定的编辑位点与影响元件SSR标记为茶树功能研
2023-10-31